История становления следственного изолятора начинается примерно с 1937 года. Учреждение до 30-года прошлого столетия подчинялось ОМЗ при республиканском НКВД. Начиная с 1930 г. система мест лишения свободы претерпевает серьезные изменения, учреждение передается в ведение вновь образованного главного управления исправительно-трудовых учреждений. Во время Великой Отечественной войны Хасавюртовская тюрьма, наряду с другими органами ОВД, внесла свой значительный вклад в обеспечение правопорядка на территории города.

До 1953 года старые здания режимных корпусов использовались как складские помещения государственных учреждений. Лимит учреждения составляет 383 мест. Общая санитарная площадь камер режимного корпуса составляет 1786 кв. метров.

Учреждение дислоцировано в приграничном районе со сложной оперативной обстановкой, но, несмотря на это, личным составом учреждения проводится работа по укреплению законности и правопорядка, обеспечению стабильного функционирования учреждения. В настоящее время следственный изолятор состоит из четырех режимных корпусов. Четвертый корпус был сдан в эксплуатацию 1997 году. Норма санитарной площади в камерах соответствует нормам стандарта и составляет 4 квадратных метров. Также за последние годы на территории изолятора были построены новые следственные кабинеты, комнаты длительных и краткосрочных свиданий.