Воспитательная колония была образована на базе женского исправительного учреждения ИТК №5 ОИТУ УВД в январе 1972 года и называлась ВТК №41 ОИТУ УВД Сахалинской области. В архивах ВК не сохранилось сведений о дате образования ИТК №5, но предположительно это произошло в 1962 году.
Хотя большая часть сооружений досталась в «наследство» от прежних хозяев, лейтенант внутренней службы Алексей Иванович Кузьмичев - первый руководитель ВТК - большое значение придавал реконструкции и строительству. За годы существования учреждение расстраивалось и развивалось: были введены в эксплуатацию здание медицинской части, школа и общежитие №1.
Последующие начальники колонии Н.П.Квятковский, И.Г.Кобзев и М.А.Тобоев продолжили это начинание. В середине 70-х вступило в строй здание штаба и КПП. Строительство велось своими силами с привлечением труда воспитанников колонии.
В 1974 году на территории колонии было создано профессиональное училище № 2, где воспитанники имеют возможность получить рабочие профессии по специальности: столяр-строитель и слесарь промышленного оборудования. А в оснащенных цехах швейного, столярного и арматурного производства закрепить их на практике. Общеобразовательная школа готова принять до 100 учеников сразу.
В 80-е годы в ВТК вошли в строй: санпропускник, гараж, общежитие №2, следственный изолятор, столовая, караульное помещение, банно-прачечный комбинат.
В январе 1998 года постановлением мэра Южно-Сахалинска ВТК№41 ОИТУ УВД Сахалинской области была переименована в учреждение Воспитательная колония УИН УВД Сахалинской области, а спустя несколько месяцев перешла в подчинение Минюста России.
С 2000 года производственная деятельность ВК развивается по 2 направлениям: швейное производство и строительно-ремонтные работы.
На деньги, полученные от консорциума «Сахалинская Энергия», в 2003 году было закуплено швейное оборудование. Трудно переоценить роль Попечительского Совета, на средства которого приобретается: спортивный инвентарь, бытовые холодильники, проводится ремонт капитальных сооружений. Возглавляет Совет А.Т Рязанцева.
Активную помощь ВК оказывает общественно-молодежный фонд «Прогресс», которым руководит А. Болдырев. Достигнута договоренность с руководством ГАИ о создании в колонии класса по изучению автодела, администрация учреждения выделила помещение. На деньги фонда закуплены наглядные пособия и оборудование для организации учебного процесса. Рассматриваются возможности создания гончарного производства.
Сейчас на территории ВК располагаются два общежития, столовая, медсанчасть, школа, спортзал, следственный изолятор, гараж, банно-прачечный комбинат, православный храм.
В разное время колонию возглавляли: В.И.Стрепитов, Ю.С.Корешков, Р.Г. Мустафин, В.Г.Дронов, Е.Ф.Кирсанов, И.П.Омельянов, А.И.Юрченко, М.А.Тобоев, М.М.Чепусов, И.Г.Кобозев, С.А. Гурдюмов, В.Е. Кузьмин, В.П. Федорчук, А.П. Химченко, И. В. Миньков.
