Тюрьма №1 города Южно-Сахалинска, на тот момент ещё города Тойохара, впервые упоминается в документах 15 октября 1945 года как одно из подразделений НКВД. Первым начальником был назначен мл. лейтенант Г.И. Антипов.
В 1946-47 годах, когда НКВД был реформирован в МВД, то все тюрьмы острова -№1, №5 в Охе и №7 в Александровск-Сахалинском - были переподчинены вновь созданному тюремному отделу УМВД области. Со временем учреждение стало «задыхаться» от тесноты. Требовалось расширение и реконструкция зданий с тем, чтобы увеличить камерные площади для осужденных, а также улучшить условия несения службы для личного состава. В феврале1948 года решением исполкома Южно-Сахалинского горсовета выделяется земельный участок под строительство нового тюремного корпуса, но проблем перенаселенности избежать не удалось. При лимите наполнения 350 мест, фактически содержалось 1000-1200 заключенных.
Наружная охрана тюрьмы осуществлялась отдельной ротой конвойных войск МВД. Ограда тюрьмы – деревянная, общая длина периметра – 478 метров, высота – 4 метра.
Для прогулок спецконтингента существовало 6 дворов открытого типа. Специально оборудованного помещения для бани не существовало. Приспособили, построенное японцами - с бассейном – вода в котором подогревалась, горячим паром. «Пропускная способность» такой бани – 30 человек в час. Отопление в старом режимном корпусе японской постройки было «коллориферное» - обогревающие дымоходы проходили под полом камеры, а топка производилась из топочных колодцев, расположенных в боковых коридорах. Кухня располагалась в режимном дворе и была оборудована чугунными котлами.
В январе 1952 года был введен в строй новый режимный корпус. Это позволило увеличить санитарные нормы площади, на одного осужденного до 1,5 кв. метров. Строительство велось хозспособом – силами сотрудников и строительной бригады из осужденных.
Нынешнее свое название – следственный изолятор – учреждение получило в июне 1964 года, тогда же утвердили и новое штатное расписание. Наряду с вольнонаемными сотрудниками в штат были введены 18 офицерских должностей.
В настоящее время (январь 2004) в учреждении содержится 530 лиц подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлении.
Санитарная норма площади на одного человека составляет более трех кв. метров. Имеются две комнаты свиданий и комната приема передач. Банно-прачечный блок обеспечивает помывку заключенных и стирку постельного белья. Действующая пекарня полностью обеспечивает потребности СИЗО в хлебе.
Учреждение содержит подсобное хозяйство по разведению свиней, кроликов, птицы, а на полях выращивает картофель, капусту, помидоры и огурцы.
В разные годы учреждение возглавляли люди, преданные своему делу: Г.Н.Михалев, А.И.Афонин, В.И.Викулов, В.В.Лобанов, А.Н.Мороз, В.А.Селезнев.
В настоящее время руководит учреждением В.И.Санин. Более 40 лет отдал он становлению уголовно-исполнительной системы Сахалина, пошел путь от старшего инспектора до руководителя учреждения, всегда являясь примером в выполнении служебного долга и вполне закономерно, что деятельность В.И.Санина отмечена девятью правительственными и ведомственными наградами.
Много тёплых слов за добросовестный и многолетний труд заслужили В.А.Бабич, А.И.Конашевич, В.В.Синяговский, Е.А.Кострова, Т.Н.Остапенко, С.В.Емашкин, М.И.Михайличенко, В.Г.Усова, Н.П.Конашевич, Л.В.Ананьева, В.Н.Комалова, М.И.Скрыпникова, П.М.Волостных, С.А.Баландин.
