Содержание арестантов в Новгородской губернской тюрьме, отношение к ним администрации и жителей города было достаточно гуманным. Городская и тюремная администрация занимались моральным исправлением заключенных. Арестанты не были полностью изолированы от общества, которое пыталось их труд сделать полезным. Содержание заключенных было суровым, но на тот период жизнь за стенами тюрьмы для многих была не лучше. К концу 40-х годов состав заключенных существенным образом изменился. Подавляющее большинство из них содержались за совершение уголовных преступлений. В изменившихся послевоенных условиях многие порядки, установившиеся в годы войны, перестали отвечать требованиям исправительно-трудовой политики. В начале 60-х годов в учреждении проводилась реконструкция, в результате которой в здании были проведены центральное отопление и канализация. 18 апреля 1967 года приказом МВД СССР для следственного изолятора был установлен лимит наполнения - 600 мест. С 1967 года четыре камеры определялись для содержания административно арестованных.
По состоянию на 25 августа 1972 года следственный изолятор имел 67 общих и маломестных камер и 8 карцеров. В 1998 году после проведенной реконструкции складских помещений, в эксплуатацию ввели новый административный корпус, а также новые гаражи.
В конце 1996 года начали, а в 2005 году закончили строительство режимного корпуса № 3 на 220 мест, все камеры в которой 4-х местные. Уже в ноябре 2008 года новый корпус был заселен первыми заключенными: несовершеннолетними и женщинами.
Все это делается, в первую очередь для улучшения содержания спецконтингента, так как в соответствии с требованиями Федерального закона «О содержании под стражей подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлений» площадь, выделяемая на одного заключенного должна составлять 4 квадратных метра.
В 1994 году в следственном изоляторе, в числе первых в России, была внедрена телевизионная система наблюдения, значительно повысившая надежность охраны учреждения. Практически после ее внедрения из следственного изолятора Великого Новгорода не допущено побегов заключенных.
Следственный изолятор, несомненно, является своеобразными «воротами» уголовно-исполнительной системы, именно через него весь спецконтингент приходит в исправительные учреждения. В СИЗО происходит первое знакомство арестованного с учреждениями УИС, сотрудниками. Здесь начинается изучение его личности, а также проводится медицинское обследование на наличие заболеваний, при необходимости проводится лечение.
В 2001 году при СИЗО открыли магазин, через который можно оформить передачу любому содержащемуся в изоляторе. С 2004 года подследственным оказываются услуги добровольного медицинского страхования жизни. Подследственные и осужденные, отбывающие наказание в отряде хозяйственного обеспечения, охотно читают книги в местной библиотеке и занимаются в тренажерных залах.
В декабре 2003 года в следственном изоляторе, в корпусе, где когда-то размещалась губернская тюрьма восстановили храм. Освящая его, Владыка Лев, Архиепископ Новгородский и Старорусский сказал, что считает это добрым знамением.
- Божье наказание отрезвляет нас, - сказал он. - Раскаяться - значит изменить свою жизнь. Добрые дела приближают нас к Христу. Я молюсь, чтобы Бог простил бы Вас и помог бы восстать...
В 2006 году в следственном изоляторе оборудован учебно-консультационный пункт и с 2007 года в СИЗО возобновятся школьные уроки. Это еще один шаг к созданию нормальных условий для осужденных и лиц, содержащихся под стражей, что является велением уже нашего времени.
Напомним, что СИЗО и тюрьмы обязаны обеспечивать исполнение уголовно-исполнительного законодательства; создавать условия для обеспечения правопорядка и законности, безопасности осужденных, а также персонала, должностных лиц и граждан, находящихся на территории учреждения. Сегодня личный состав «Белого лебедя» - это 253 аттестованных сотрудников и 26 вольнонаемных, большинство из которых - женщины. Однако свою службу они несут наряду с мужчинами, ведь сотрудники СИЗО и тюрем независимо от занимаемой должности, места нахождения и времени суток обязаны в случае непосредственного обнаружения событий, угрожающих личной или общественной безопасности, принять меры по спасению людей, предотвращению и пресечению правонарушений, задержанию лиц по подозрению в совершении этих правонарушений. И, судя по результатам работы СИЗО Великого Новгорода, здесь работают профессионалы.
В порядке размещения арестанты были разбиты по категориям: женщины содержались отдельно от мужчин, малолетние от взрослых, привилегированные от разночинцев. Содержание мест заключения происходило за счет государства, земств, органов городского самоуправления. Кроме того, на тюрьмы собирали кружками, жертвовали по подписным листам, оставляли суммы по духовным завещаниям. Общих правил относительно питания арестантов не существовало. В одних тюрьмах кормовые деньги выдавались заключенным на руки, а в других приготовление пищи было организовано. При желании и при наличии средств заключенные могли питаться за свой счет, и закон не ставил в этом отношении никаких ограничений. Политическим заключенным из непривилегированных сословий питаться за свой счет запрещалось. 
