Спасо-Преображенский монастырь был основан в 1853 году в четырех верстах от г. Бузулука на земле, отведенной казной. Первыми иноками, поселившимися здесь, были крестьянин с. Тримихайловки Н. Лоскутов, казак И.И. Гнедышев и несколько мещан г. Бузулука. Под жилье они использовали пещеры, находившиеся в небольших Атаманских горах, окружавших эту местность. Но в конце 40-х годов XIX века по приказу бузулукского градоначальника они вынуждены были покинуть пещеры, которые впоследствии передали в аренду крестьянам с. Александровки Бузулукского уезда Михаилу Чекунову и братьям Поликарпу и Мефодию Рыжих.

В апреле 1849 года арендаторы пещер обратились в Оренбургскую духовную консисторию с прошением о создании обители. 26 мая 1850 года просителей зачислили в духовное звание и разрешили произвести необходимые постройки. При финансовой поддержке Бузулукского купца А. Зуева в д. Твердиловке был куплен дом с мезонином, который перенесли и поставили около пещер. В мезонине была устроена домовая церковь во имя Смоленской иконы Божией Матери, а в доме помещение для настоятеля и братии. В 1852 году самарский епископ Евсевий направил в Синод ходатайство об открытии монастыря и 21 февраля 1853 года последовал указ Святейшего Синода об учреждении мужского общежительного монастыря третьего класса. Одним из условий его открытия было введение устава в духе древнего пустынножительства по примеру пустыней Сафрониевской и Глинской.

Официальное открытие обители епископом Евсевием состоялось 4 октября 1853 года. Монастырю принадлежали земельные угодья в количестве 764,5 дес, находящиеся в разных местах. Так, рядом с обителью находилось 390 дес, в 17 верстах от нее, около д. Араловки - 51 дес, в 30 - ти верстах при д. Романовке -98 дес, и 216 дес. находилось в 80 верстах от монастыря. Внутри обители имелось 5 храмов. Особо чтимой была икона Божией матери «Всех Скорбящих Радость», после после вечерни с ней служили молебен с акафистом. С иконы была изготовлена копия в серебро позолоченной ризе на случай ее выноса из монастыря. Из древних церковных вещей в ризнице обители имелось напрестольное евангелие, напечатанное в г. Москве в 1748 году. Ежегодно, 9 мая, вокруг монастыря устраивался крестный ход по случаю пожара, бывшего в обители 9 мая 1865 года. Первым временным настоятелем с 1853 года был рясофорный послушник Поликарп Рыжих.

В марте 1854 года в обитель из Глинской пустыни, Курской губернии, был переведен иеромонах Аполлинарий (А. Лукашев). 30 марта 1854 года он получил сан игумена и , вступив в должность настоятеля, ввел в обители устав и чиноположение Глинской пустыни. Последним настоятелем с августа 1914 по 1917 год был иеромонах Димитриан (Д.А. Кванин). С 1862 году монастырь был обнесен с трех сторон каменной стеной, а с северо-западной стороны плетнем. В стене имелась угловая башня с помещением для двух монахов. Внутри находились жилые и служебные корпуса. С 1869 года открывается училище на правах школы грамоты. Сначала в нем учились 12 мальчиков, а с 1885 года уже числилось 15 учеников. Все они находились на полном монастырском содержании.

В 1891 году училище преобразовали в церковноприходскую школу, а в 1916 году - в приют для беженцев. В первые годы Советской власти монастырь существовал под видом сельхозартели, которая занималась обработкой земельного надела. Для приема странников и богомольцев имелся странноприимный дом, открытый в 1856 году. Он занимал три корпуса. Имелись в монастыре хлебопекарня, квасоварня, просфорная, экономический и скотный дворы, кузница. За монастырской стеной находилось кладбище, на котором мирян не хоронили. На реке Колтубанке имелась водная мельница с двумя поставами и обдирной, а также рыбные ловли в двух озерах. В полуверсте от г. Бузулука находились две часовни, принадлежавшие монастырю. Первая часовня была построена в 1856 году на источнике для освещения воды в установленные церковью дни. Вторая часовня, построенная 1862 году на земле, выделенной городским обществом, предназначалась для сбора пожертований с целью поддержания обители в материальном отношении. Имел монастырь и два подворья: в г Бузулке и в г. Самаре. Самарское подворье занимало площадь в 640 кв. сажен. В 1882 году дворовое Место, принадлежавшее монатсырю в Самаре, перешло к частным владельцам.

В 1923 г. был расторгнут договор на пользование храмом, а само здание было переоборудовано под токарные мастерские. Спасо-Преображенский храм был разобран, а строительные материалы после его разборки были использованы для строительства клуба. Свято-Никольский храм преобразован под кузницу. В 1929 году монастырь был закрыт. 23 августа 1936 года по приказу НКВД СССР на базе бывшего монастыря была создана колония-коммуна для беспризорников, условно наказуемых детей репрессированных родителей. Работала она по системе А.С. Макаренко. Раздетые, голодные беспризорники наводили ужас на жителей города Бузулука и окрестных сел. Коммуна-колония, эти слова имели в те годы одно значение ведь преступники и беспризорники содержались вместе.

С октября 1941 года по 1950 год в детской трудовой колонии отбывали наказание несовершеннолетние осужденные. Колония перевоспитывала малолетних преступников трудом и учебой. Основным производством были колесный, бондарный, ручечный, столярные цеха. Активно работала школа. Согласно приказу МВД СССР №0799 от 06.12.1950 г. «О закрытии Первомайской трудовой ВК и реорганизации Бузулукской трудовой колонии управления МВД по Чкаловской области», Бузулукская трудовая колония для осужденных несовершеннолетних осужденных к 01.03.1951 г. была реорганизована в трудовую воспитательную колонию для мальчиков на 250 мест с металлообрабатывающим профилем производства. Здесь находились - сироты войны от 10 лет и больше. Обязательным было получение профессии обеспечивающей будущее, колония давала им путь в жизнь. С 1985 года Бузулукская воспитательная трудовая колония являлась колонией усиленного режима. Здесь содержались преступники несовершеннолетнего возраста не раз переступившие закон.

8 января 1997 года Федеральным законом РФ №1 воспитательная трудовая колония переименована в воспитательную колонию усиленного режима. В 1998 проведена большая работа по освоению товаров народного потребления, выпуска продукции для собственных нужд. Введена в строй макаронная линия, цех по выпечке хлебобулочных изделий, цех по разливу минеральной воды. 9 марта 2001 года Федеральным законом РФ №25 отменены виды режимов в воспитательных колониях. В Бузулукской воспитательной колонии несовершеннолетние осужденные стали отбывать наказание за все виды преступлений, в том числе и впервые осужденные.

С 2005 года и по настоящее время БВК состоит на учете, как учреждение со сложной оперативной обстановкой. В соответствии с приказом УФСИН России по Оренбургской области (далее Управление) «О совершенствовании кураторства в УФСИН России по Оренбургской области» от 30.01.2007 №30 заместитель начальника Управления майор внутренней службы В.В. Моравец являлся куратором учреждения.

В связи с ротацией личного состава согласно приказу начальника УФСИН России по Оренбургской области от 11.03.2008 г. №108 куратором БВК является начальник Управления генерал-майор внутренней службы Тарнавский А.П. За каждым отрядом БВК закреплен куратор из числа заместителей начальника Управления.